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조세특례제한법

경정청구 인용에 따른 농어촌특별세 과세문제

안녕하세요

 

오늘은 경정청구 인용 시 발생하는 농어촌특별세에 대해 알아보고자 합니다.

 

최근 사업주분들을 대상으로 경정청구가 많이 유행하고 있습니다.

 

크게 고용증대세액공제, 중소기업 사회보험료 세액공제, 통합투자세액공제 등이 이루어지고 있습니다.

 

이 중 고용증대세액공제와 통합투자세액공제는 농어촌특별세 과세대상입니다.

 

고용증대세액공제로 100을 공제받은 경우에는 100 x 20% = 20만큼은 농어촌특별세로 납부해야 합니다.

 

따라서, 조세특례제한법에 따라 공제받는 세액 중 대다수는 80%의 세액효과만 지니게 됩니다.

 

그럼 본론으로 들어가서

경정청구를 통해서 고용증대세액공제 100에 대하여 인용받는 경우가 있습니다. 

국세환급을 받는 경우에는 법령에 따라 국세환급가산금을 같이 받게 됩니다. 이는 납부가 늦어지는 경우 가산세를 내는 것과 동일하다고 보시면 됩니다.

 

즉, 환급액 100 / 환급가산금 10 = 합계 110을 환급받게 마련입니다.

동시에 농어촌특별세 20이 발생합니다. 이 경우 농어촌특별세에 대해 납부지연가산세가 과세되는지에 대해 쟁점이 생겼습니다.

 

환급받은 금액은 환급가산금이 나오는데, 그에 따라 부과되는 농어촌특별세에 대해서도 납부지연가산세가 부과되는 것이 논리상 타당해 보입니다.


서면-2022-징세-3543, 2023.06.22

법인세 감면을 추가로 인정하는 과세관청의 경정결정으로 인하여 법인세는 일부환급되고 농어촌특별세는 추가 고지되는 경우 법인세 환급세액은 농어촌특별세의 납부지연가산세 계산 시 기납부세액으로 공제되는 것임

 

기획재정부 조세정책과-699(2014.9.26.)

양도소득세 감면을 추가로 인정하는 과세관청의 경정결정으로 인하여 양도소득세는 일부 환급되고 농어촌특별세는 추가 고지 되는 경우 양도소득세 환급세액은 농어촌특별세의 납부불성실가산세 계산 시 기납부세액으로 공제되는 것임.

 

상기의 예규를 통해서도 경정청구 등을 통해서 발생한 환급세액은 농어촌특별세 납부지연가산세 계산 시 고려되는 것으로 판단됩니다.

 

다만, 실무적으로 대부분의 경우 환급액 + 환급가산금 - 농어촌특별세로 통장에 대부분 입금되기 때문에 크게 고려하지 않으셔도 될 것 같습니다.

 

마지막으로 추가적인 판례 알아보고 마치겠습니다.

 


조심2017서3110, 2017.09.14

납세자가 이미 국가에 납부한 법인세액은 세목을 달리하여 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 농어촌특별세의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적인 점 등에 비추어 처분청이 농어촌특별세에 납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

 

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 경정청구를 통하여 본세인 법인세를 감면받으면서 당초 납부하지 아니한 농어촌특별세를 납부하게 되는 경우 납부불성실가산세를 적용하여야 한다는 의견이나, 법인세와 농어촌특별세가 별개의 세목이라 하더라도 농어촌특별세는 법인세의 부가세로서 청구법인이 법인세를 과다하게 납부함으로 인하여 농어촌특별세가 과소하게 납부된 것이므로 서로 밀접한 관계가 있는 점, 납세자가 이미 국가에 납부한 법인세액은 세목을 달리하여 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 농어촌특별세의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적인 점 등에 비추어 처분청이 농어촌특별세에 납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2014전764, 2014.4.24. 같은 뜻임).

 

다만, 별론으로 처분청은 청구법인의 2013 사업연도 법인세 OOO원을 환급하면서 국세환급가산금을 가산하였으나, 가산한 국세환급가산금에는 농어촌특별세의 기납부세액으로 인정받은 금액 OOO원에 상당하는 국세환급가산금이 포함되어 있으므로 이를 차감하여 국세환급가산금을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

 

오늘도 읽어주셔서 감사합니다.

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